Die Trennung von Religion und Staat gehört ebenso zu den Grundpfeilern Aserbaidschans wie die Toleranz gegenüber den Anhängern der verschiedenen Religionen. In friedlicher Koexistenz mit den Schiiten und Sunniten leben in Aserbaidschan Christen und Juden.

Eine Mehrheit der Aserbaidschaner ist islamisch geprägt, wobei im Verhältnis zum eigenen Glauben deutlich die kulturelle Tradition und weniger die alltägliche Religionsausübung vorherrscht.

Die große Toleranz zeigt sich auch an der Anzahl der Gotteshäuser, zu denen neben Moscheen z.B. in Baku drei russisch-orthodoxe Kirchen, eine katholische Kirche, eine lutherische Kirche und mehrere Synagogen zählen. Eine 2003 in Baku eröffnete Synagoge war die erste neugebaute Synagoge in einem überwiegend muslimischen Staat.

Besonders in ländlichen Gegenden verbreitet sind zudem animistische Rituale und Bräuche. Hier haben sich einige Bestandteile der Religion der zoroastrischen Feuerverehrer, die in ihrem Glauben eine Vorform der muslimischen Religion Persiens praktizierten, erhalten. Ein Kennzeichen davon sind sogenannte Pirs – heilige Stätten, denen eine Heilkraft zugesprochen wird. Ein Beispiel hierfür ist der Berg Besbarmaq, der täglich von Pilgern bestiegen wird.